У нас два Шепарда. Один мужчина - Джон Шепард с дефолтной внешностью. Герой Галактики, который спасает мир от Жнецов. Вторая - его сестра Джейн Шепард, которая числится в Альянсе, как преступница. Она не спасает Галактику и не собирается.

Важные события:
- Все сопартийцы живы и здоровы. Даже Эшли и Кайден.
- Рахни живы
- Совет жив
- Шепард выбрал Андерсона в качестве представителя в Совете
- Джон не восстановлен в звании Спектра
- Спас Х-57 от падения на Терра Нову
- Геты переписаны
- Исследования лекарства от генофага уничтожены, но Мордин сохранил себе копию по просьбе Шепарда
- Шепард Спас завод на Зоре, Видо Сантьяго жив
- Серый ящик отдан Касуми

Действие нашей игры разворачивается в мире Mass Effect 3.

Две недели до прибытия Жнецов, однако никто об этом не знает. Шепарда и всю его команду взяли под стражу за то, что он уничтожил всю батарианскую систему. Шесть месяцев капитан сидел под домашним арестом на Земле. Ему нельзя было никуда выходить и с кем-либо контактировать, кроме своей команды. Однако и команда Нормандии не собирается ждать, когда Шепард выйдет из под трибунала. Кто-то из команды ушел и начал заниматься своими делами, жить собственной жизнью.
Пока Шепард сидит под трибуналом, его младшая сестра бороздит со своей командой просторы космоса. Но на безоблачном небе возникают тучи. За Джейн начинает охоту Цербер, никто не знает, что именно им нужно от сестры капитана. Джейн сама еще не знает, что влипла по уши и выйти из непростой ситуации ей поможет только собственная команда.
"Цербер" преследует собственные цели, пытаясь понять, как управлять жнецами. Призрак всеми правдами и неправдами пытается заполучить технологии жнецов, сметая на своем пути гражданские поселения. Альянс становится на защиту, борясь с террористами.